1明確進行親子鑒定的適用原則
在醫學上進行親子鑒定并非難事，關鍵是在訴訟中如何應用親子鑒定的問題。親子鑒定涉及婚姻、家庭、子女人身權利和財產權益，在訴訟中適用應貫徹的是穩定、謹慎之精神，其適用是有條件的，在法律沒有具體規定前提下，筆者認為，應嚴格掌握其適用原則。
(1) 當事人意志因素制約原則。親子鑒定的首要條件是，由主張確認或否認親子關系的當事人提出鑒定申請。根據民事訴訟證據規則，提出主張的一方當事人應當舉證，但為保證親子鑒定結論的可靠性，往往由法院在訴訟過程中為當事人委托法定鑒定機構進行鑒定，但法院作為中立者不能為任何一方主動采集對一方有利的證據，因此，當事人不申請親子鑒定的，法院不依職權進行鑒定。
(2) 保護婦女、兒童權益原則。對要求作親子鑒定的案件．應當從保護婦女、兒童合法權益，有利于增進團結利防止矛盾激化出發，區別情況，慎重對待。第一，當親子鑒定的適用可能影響子女或婦女合法權益而帶來不良后果時，一般不應適用：第二，在未婚男女、未婚男子（女子）與已婚女子（男子）發生性關系下所生子女因撫育費糾紛、賠償糾紛引起的親子關系確認案件中，任何一方要‘求均可準許；第三，因錯抱嬰兒、懷疑非自己所生嬰兒而拒絕從醫院抱領的，任何一方要求均可啟動親子鑒定程序。這些基于未成年人利益而申請親子鑒定無需考慮對方意志，這一點在司法實踐中已被貫徹。
(3)親子鑒定提起的時效限制原則。從國外立法看，《瑞士民法典》對該訴訟時效規定的最為完善：“夫在知悉生育及知悉本人并非子（女）之父或第三人在受胎期間與其同居的事實之后，得在一年的期限內起訴。超過出生后5年，訴權自行失效。”筆者認為，我國立法及司法實踐中應當借鑒上述規定進行處理。筆者建議，可以引人兩年時效制度，當得知或應當得知子女非自己親生之日起無正當理由兩年內不主張確認權利者，訴權自行消失。這樣，有利于保護婦女、兒童的合法權益，維護婚姻、家庭秩序的穩定。
2 規定適用親子鑒定的案件類型根據訴訟請求中對親子關系認定結果的不同主張，該類案件分為請求確認親子關系與請求否認親子關系兩種類型。
(1)請求確認親子關系的案件，在此類案件中，當事人提起的一般是給付之訴，親子關系的認定是對其所主張權利的確認，根據親子關系請求法院對其提供公力救濟。該種基于親子關系的給付之訴主要是對身份權的主張，包括根據繼承、贍養、撫養等身份關系所產生的人身及財產上的權利。
(2)請求否認親子關系的案件。該類型案件多為，因對親子關系的異議對其撫養義務、贍養義務或繼承關系提出異議而涉訟。如果父母與子女間事實上并無血親關系亦未形成擬制血親關系，父母方可拒絕對子女進行撫養，可主張解除事實上已形成的撫養關系，子女對未形成撫養關系的父母可拒絕贍養：在繼承關系中，親子關系被否認的子女或父母方，如果未于共同生活期間履行過撫養或贍養義務，在繼承權發生時，其他繼承人可通過否認親子關系否認其繼承權。
3 建立親子鑒定相關工作制度
(1)建立親子鑒定委員會制度。在各省、市、自治區建立親子鑒定委員會，鑒定委員會應包括親子鑒定技術專家、法律工作者、政府相關部門的人員，由他們具體認定、考核、指導該地區的親子鑒定工作，對親子鑒定結論進行復議，協調親子鑒定中的各種矛盾。
(2)建立法定的鑒定部門及鑒定人資質認證制度。什么機構可以具備資格從事這項業務沒有法定標準是中國親子鑒定現狀最大的隱患。因此，必須首先加強對鑒定部門的管理，應明確哪些是法定的鑒定部門，哪些是指定的鑒定部門，哪些部門不允許作血液系親子鑒定。
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