親子鑒定涉及到夫妻雙方及子女的人身、財產、名譽等諸多方面的問題。人民法院審理民事案件涉及到親子鑒定時，一般應堅持如下原則：
一是當事人主動申請。在處理婚姻家庭案件時，審判機關即使對“父子”關系有懷疑，也不能主動依職權委托有關部門作親子鑒定。這是我們在處理婚姻家庭案件時必須遵守的前提和原則，也是體現保護婦女和兒童的合法權益（尤其是兒童）的具體要求。只有一方或雙方當事人在訴訟中向法院提出作親子鑒定的申請時，審判機關才能考慮是否啟動親子鑒定的程序。如一方或雙方沒有提出這一請求，即使在親子關系上可能存在著一些問題或疑異，審判人員還是應該按正常的婚姻家庭案件來處理。
二是當事人自愿。在這一問題上，當前的審判實踐中存在著不同的意見。一種觀點認為，只要一方當事人在涉及婚姻家庭糾紛中向法庭提出了親子鑒定的申請，人民法院對其申請應予采納和支持。其理由主要是：首先，從當事人行使權利的角度來說，申請親子鑒定是其權利，因為法律對此并無禁止性規定；其次，這也確是案件審理的需要，到底是不是“父子（女）”關系，只有通過科學的手段才能進行辯別，也即只有通過親子鑒定，有了明確的鑒定結論，法院才能正確地進行審理。另一種觀點認為，即使一方向法庭提出了親子鑒定的申請，但與此同時還得經過另一方的同意才行，在一定情況下還得經過其子女的同意才行。其理由是：首先，親子鑒定是公民的一種人生權，在具體操作時需要雙方及其子女的配合，在民事訴訟中，雙方當事人的身份地位是平等的，因此法院不可能也不應該通過強制的方法來進行鑒定。如果沒有另一方的配合，要作親子鑒定是不可能也不現實的。其次，從證據的角度來說親子鑒定結論也是一種證據，一方當事人有權利向法庭提供證據，但不能通過強迫另一方配合或協助來取得證據。對于親子鑒定這一問題來說，提出申請是一方當事人的權利，但另一方當事人從法律上有權予以拒絕。再次，親子鑒定涉及到很多的法律和社會問題，特別是涉及到社會的穩定。因此，從某種程度上講，不宜多提倡作親子鑒定。
三是視情況征求子女意見。親子鑒定不僅僅是涉及到夫妻二人的事情，實際上更多的是涉及到該子女當前和將來的成長和生活。子女是無辜的，夫妻雙方所作的一次親子鑒定，有可能對他們帶來一輩子的負擔和包袱。因此在是否作親子鑒定時要根據具體情況征求子女的意見。筆者認為應以該子女是否年滿十周歲為分界線。十周歲以下的未成年人，根據我國法律的規定是無民事行為能力人，是否作親子鑒定可以以其“父母”決定為主，但如該子女已達到十周歲以上，一定要征求其意見，如其不同意作鑒定，人民法院不應同意申請人作親子鑒定的請求。
四是從嚴掌握。親子鑒定涉及到親情、婚姻、財產、名譽等多方面的問題，應從有助于建設和睦、團結的家庭，有利于整個社會良好的風尚和我國的精神文明建設，有利于子女的成長及成材角度出發，必須從嚴掌握。同時，作親子鑒定時一定要做到程序合法，即整個鑒定過程都必須符合法律的有關規定，不能走捷徑。只有程序合法，才能確保實體公正。
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